Bereits mehrere Jahre vor dem vollständigen Abschluss der Rohbauarbeiten beginnt im Gotthard-Basistunnel der Einbau der bahntechnischen Ausrüstung. Der Werkvertrag Bahntechnik wurde Ende April 2008 unterzeichnet. Der beauftrage Generalunternehmer ist verantwortlich für die gesamte eisenbahntechnische Ausrüstung des Gotthard-Basistunnels, von der Projektierung über die Ausführung bis zur Inbetriebsetzung. Die Arbeiten beginnen 2010 am Südportal in Biasca.
Die Bahntechnik umfasst sämtliche Komponenten und Systeme, die zum engeren System Eisenbahn gehören und damit für den künftigen Betrieb von zentraler Bedeutung sind. Dazu gehören Fahrbahn, elektrische Anlagen für die Stromversorgung der Infrastruktur, Bahnstrom-, Telekommunikations- und Sicherungsanlagen. Der Einbau der Bahntechnik ist wegen der engen Platzverhältnisse und dem knappen Terminplan eine komplexe und anspruchsvolle Aufgabe. Dabei finden alle Transporte auf der Schiene ab den beiden Installationsplätzen in Erstfeld und Biasca statt. Der Einbau der Bahntechnik inklusive der gesamten Inbetriebsetzung der Anlagen dauert acht Jahre.